后天免疫缺乏综合症患者所遭遇严重的病理呈现，主要源自于人类免疫缺乏病毒的感染。此病毒属于一种反转录病毒，主要针对人类免疫系统重要的组成进行感染并改变其运作模式，包括辅助型T细胞、巨噬细胞、和树突细胞（dendritic cell）等，其中又以直接破坏细胞膜上具有CD4辨识蛋白特征的T细胞（简写作CD4+T细胞）的结果最为严重，因为CD4+ T细胞是人体免疫系统辨识外来物质过程中，不可或缺的元素之一，一旦CD4+T细胞受到感染而不表现CD4辨识蛋白，或甚至造成此种细胞死亡，导致每微升血液中CD4+T细胞数量低于200时，细胞免疫（cellular immunity）就几乎完全失去功能，进而导致平时不易感染健康人类的微生物得以大肆入侵，由于受艾滋病病毒感染个体无法有效分辨敌我，最后导致严重的各种感染症，总称后天免疫缺乏综合症, 即通常说的艾滋病。

根据流行病学统计，在未使用抗反转录病毒药物治疗的情况下，自感染病毒至出现症状的潜伏过程的中位数约为9至10年，自正式出现后天免疫缺乏综合症起算，存活时间的中位数亦仅有9.2个月. 然而，临床观察到的疾病进程速度受到许多因素影响，在个体之间有很大的变异，短则两周、长可达20年。一般年长者免疫力较差，因此相对于年轻患者而言，病程发展迅速的风险较高；医疗的品质和同时存在的感染症（如结核）也会使得艾滋病病毒感染者处于较为不利的状态; 遗传也左右了感染过程和感染后的状况，有些人因带有编号为CCR5-Δ32的突变基因，对特定的艾滋病病毒病毒株具有抵抗力。此外，由于艾滋病病毒病毒本身在演化过程中亦会产生变异，不同品系也可引起不同程度的临床表现。