1.抗-HCV
大部分HCV感染者，体内均出现抗HCV，因此，检测抗-HCV对丙型肝炎诊断很有价值，抗-HCV阳性是HCV感染的标志，但目前检测结果不能充分反映急性，慢性抑或恢复期感染，抗体效价也不能反映HCV感染的强度，至少在动物试验中未能证实，抗-HCV阳性可能表示近期感染后的免疫状态，但大多数表示现症HCV感染，并在一定程度上反映个体的传染性，人感染HCV后勤工作至抗-HCV阳转，这段时间个体长短差异很大，目前所用方法，测出抗体较晚，在该期唯一感染的标志患者始终不出现抗-RNA，此外尚有20%丙型肝炎患者始终不出现抗-HCV，故实际感染率比检出率高，抗-HCV阴性不能除外HCV感染。
输血后丙型肝炎较明确，人感染HCV后反应可有4种表现：
①被动输入高滴度抗-HCV阳性血，于输血后抗-HCV即阳性，5周后转阴， 以后又出现抗-HCV自动抗体，可持续阳性。
②迟发性抗-HCV反应并持续阳性，一般于输血后20～22周或病后14～16周抗-HCV阳转，迅速达高峰，持续阳性10年以上。
③迟发性短期抗-HCV反应，于输血后19～21周或病后9～11周抗-HCV阳转，1年后转阴。
④无反应，多见一过性HCV感染，抗-HCV始终阴性。
目前检测的抗-HCV IgM，与其他病毒的IgM反应规律不同：①IgM比IgG出现的晚;②IgM存在时间长，至少3～8年或更长;③IgM与IgG滴度呈正相关;④存在继发性IgM抗体应答，说明抗-HCV IgM不能做为HCV感染的早期诊断指标，不能区分近期与既往感染，但可能反映慢性化或带病毒，可做为判断预后和疗效的指标。
2.HCV-RNA
因丙型肝炎患者血液中HCV含量很低，直接做核酸杂交，很难查到HCV-RNA，须先经核酸扩增后测定，采用半定量聚合酶链反应(HCVcDNA/PCR，简称cPCR)测定肝和血清中HCV草药RNA，具有特异性强，灵敏度高，快速的优点，HCV RNA阳性是HCV感染的直接证据，是HCV复制指标，有传染性，因HCV RNA较抗-HCV出现早，故可用于早期诊断及献血员的筛查，HCV RNA阴性，说明HCV被清除，因此，也可做为判断预后和疗效的指标。