1.α-干扰素(α-IFN)
治疗慢性丙型肝炎有一定疗效。治疗后血清HCV RNA转阴率可达50%～80%，但停药后约半数HCV RNA又转阳，再用α-干扰素仍有效。在HCV复制指标转阴同时可见肝功能改善及肝脏病变好转。提示干扰素对HCV有抑制作用，但不能完全清除病毒。复发时间多在治后6～12个月，若治后12个月ALT持续正常，血清HCV RNA阴性，则可能治愈。其复发原因为：
①病毒基因型不同，一般Ⅲ型IFN疗效好，Ⅱ型疗效较差。
②出现突变株。
③未完全清除病毒。
④耐抗病毒药物：有报告用干扰素治疗散发性丙型肝炎效果较输血后丙型肝炎好。急性丙型肝炎如ALT持续异常超过6个月，应用干扰素治疗。常用有干扰 素α-2b(干扰能)，用法为：每次300万U，肌肉注射，每日1次，用2周;后改为每次300万U，肌肉注射，隔日1次，用14周。一般疗程3月至6 月。若增加干扰素剂量，延长治疗时间(12月或更长)，可望提高疗效。近期疗效50%。
2.三氮唑核苷(rilavirin，病毒唑)：为一广谱抗病毒药，治疗慢性丙型肝炎疗效不如干扰素。对血清和肝HCV-RNA无明显降低作用。
3.干扰素(interferon，IFN)治疗：IFN治疗输血后慢性丙型肝炎的持久应答率为25%，可防止30%的急性丙肝向慢性化发展，到目前为止，IFN仍是公认的治疗丙型肝炎病毒的药物。
Omata报道，输血后丙肝1年后ALT恢复正常者，IFN治疗组为64%，对照组为7%，输血后3年HCV RNA阴性者，IFN治疗组为90%，对照组为0%。一般认为，HCV感染时间越短，肝组织学病变越轻，血中病毒水平越低则疗效越好。因此对急性丙型肝 炎，血ALT持续不降者，应考虑IFN抗病毒治疗。慢性丙型肝炎患者，具下述指标者，亦可应用IFN治疗：
①血清ALT持续异常。
②肝组织学检查有慢性肝炎特征。
③既往有注射毒品史或从事医务工作者等。
④除外其他原因所致肝病，特别是自身免疫性肝病。
⑤HCV血清指标阳性。
IFN剂量目前一般用3～5mV，每周3次，疗程6月。据报道，在干扰素治疗过程中，50%以上慢性丙型肝炎病人的生化和组织学指标好转，但部分病 人于6～12个月内复发。但如病人于治疗后12个月ALT持续正常，血清HCV RNA阴性，则可能治愈。延长疗程可提高应答率。
影响IFN疗效的因素除年龄、病程长短外，主要与下列因素有关：
①基因型：基因Ⅱ型IFN治疗效果差，Ⅲ型治疗效果好。
②血清HCV RNA含量：一般认为，患者初始HCV RNA滴度与IFN疗效高度相关。HCV RNA初始滴度低者，IFN治疗效果好。
③病毒变异：有人提出IFN敏感性和耐受性HCV的理论。Enomoto等分析了各感染HCV-1b株病人体内HCV全长基因序列和氨基酸序列，发 现病人对IFN治疗反应与HCV-1b准种的变化有关。其中一名病人在IFN治疗前有两种HCV准种，一个在IFN治疗后不久即从病人体内消失，而另一个 准种在整个。IFN治疗期间均未发生变化。比较两个准种序列差异时发现，主要在HCVNS5A蛋白羟基端的密码子序列(2209～2248)间发生突变。 把此区称为“IFN敏感性决定区(ISDR)”，认为凡具有原型HCV-1b的准种，均对IFN-耐受，而具有ISDR突变形的HCV-1b准种则对 IFN敏感，后者IFN疗效明显高于前者。
2.利巴韦林(三氮唑核苷，Virazole，Ribavirin) 当前国内外学者多数认为利巴韦林治疗慢性丙型肝炎，在改善肝功能，抗病毒方面显示一定疗效，但这种作用停药后不能维持，可与IFN或免疫调节剂并用，以提高疗效。
4.肝移植 慢性丙型肝炎晚期可用肝移植治疗。但新移植的肝常发生HCV感染，系由肝外HCV传入所致，也可发生急性重型肝炎。