1.基础治疗与对症治疗
败血症患者的体质差，症状重，病情需持续一段时间，故在应用特效抗菌治疗的同时，还需注意补充各种维生素，能量合剂，甚至小量多次给予人血白蛋白(白蛋白)，血浆或新鲜全血以补充机体消耗，供给能量，加强营养，支持器官功能，及时纠正水与电解质紊乱，保持酸碱平衡，维持内环境稳定，有休克，中毒性心肌炎等严重毒血症表现时，可予升压药，强心药及(或)短程肾上腺皮质激素，高热剧烈头痛，烦躁不安者可予退热剂与镇静剂，需加强护理，注意防止继发性口腔炎，肺炎，泌尿系感染及褥疮等。
2.抗菌治疗
(1)抗菌药物应用原则：
①及时应用针对性强的抗菌药物是治疗败血症的关键，在尚未获得细菌学和药敏结果的情况下，要争取时间，先凭临床经验选择用药，待结果回报后，再结合临床表现及前期治疗反应予以调整。
②对病情危重者，宜选取两种抗菌药物联合应用(三联或四联应用的必要性不大)。
③对致病菌应是杀灭，而不是一时抑制，故抗菌药物的使用应足量，开始时剂量应偏大，分次静脉点滴投予，疗效宜长，一般3周以上，或在体温正常，症状消失后，再继续用药数天，有迁徙性病灶者，除局部治疗外，全身用药也应酌情延长。
(2)抗菌药物的选择：
①葡萄球菌败血症：因金葡球菌能产生β-内酰胺酶的菌株已达90%左右，故青霉素G对其疗效很差，而第一，三代头孢菌素不同程度地抑制了β-内酰胺酶的作用，对其敏感的菌株可达90%，故现常选用头孢噻吩，头孢唑林，头孢噻肟，头孢哌酮/舒巴坦等，还可联合应用阿米卡星，庆大霉素，对耐甲氧西林的金葡菌首选万古霉素。
②革兰阴性杆菌败血症：氯霉素，氨苄西林，现已普遍耐药，第三代头孢菌素对此类菌有强抗菌活性，敏感率一般大于90%，第二代头孢菌素对大肠杆菌及肺炎杆菌也有抗菌活性，故对此类败血症可从第二，三代头孢菌素中选用一种，可与庆大霉素或阿米卡星联合，也可与哌拉西林联合，绿脓杆菌败血症时应用头孢克肟无效，以用头孢哌酮，头孢哌酮/舒巴坦较好，或将上药与氨基糖甙类抗生素伍用，疗效也好，氧氟沙星，环丙沙星等喹诺酮类药物对包括绿脓杆菌在内的G-杆菌均有较强的抗菌活性，且受外界影响小，与其他类抗菌药物未见交叉耐药性，副作用轻，临床上也常被选用。
③厌氧菌败血症：常呈复数菌混合感染，选药时应兼顾兼性厌氧菌或需氧菌，常选用的药物有氯霉素，万古霉素，林可霉素，克林霉素，羧苄西林，氨苄西林，拉氧头孢，头孢唑肟，头孢曲松，甲硝唑，替硝唑，环丙沙星及氧氟沙星等。
④真菌败血症：本世纪50年代用两性霉素B治疗本病，该药的抗真菌效果颇强，但因毒副作用大而限制了使用，此后相继出现的抗真菌药有球红霉素，氟胞嘧啶，克霉唑，或因抗真菌谱窄，或因肾毒和消化道反应明显，故常以两种药物联合应用，然疗效仍不理想，病人坚持长疗程有也有困难，80年代以来出现的咪康唑(达克宁)系人工合成的1-苯乙基咪唑衍生物，对念珠菌属，曲霉菌属，新隐球菌属等具有强大抗菌性，不必与其他抗真菌药伍用，静脉内，还可囊内，鞘内，创面多途径给药，氟康唑(大扶康)为新型三唑类抗真菌药，能特异，有效地抑制真菌甾醇合成，与血浆蛋白结合率低能渗透至体液，有静脉及口服两种剂型，上二药虽有一定毒副作用，患者尚能忍受，在监护重要脏器功能的条件下应用，现已较广泛，当真菌与细菌感染同时存在时，选药极为困难，杀死细菌，真菌泛滥，抑制了真菌，细菌又会成灾，大蒜注射液可同时控制真菌和细菌的生长，宜选用之，唯作用较弱，对严重感染往往不能奏效。
3.其他治疗
(1)酌情选用拮抗炎症介质和清除氧自由基的药物，如抗内毒素单抗，IL-1受体拮抗剂，脱苷脱氨酶抑制剂等。
(2)局部治疗：对原发性或迁徙性的化脓性病灶，待成熟后均应及时切开引流，化脓性心包炎，关节炎，脓胸及肝脓肿在引流后局部还可注入抗菌药，对有梗阻的胆道，泌尿道感染，应考虑手术解除阻塞。
(3)对基础疾病的治疗不可忽略。