肺部干酪性病灶破溃到胸膜腔，可引起脓气胸。慢纤洞型肺结核并发肺气肿，可引起自发性气胸，亦可导致肺原性心脏病，乃至肺、心功能衰竭。慢性肺结核纤维增生引起支气管扩张，常伴咯血，但常无结核活动性。结核菌可随血播散而并发脑膜、泌尿生殖道及骨结核等。广泛应用抗结核药物以来，肺结核管道播散的并发症，如喉、肠结核已很少见。

艾滋病（AIDS）在世界各地蔓延，患者免疫力降低，容易继发结核菌和非结核分支杆菌感染。有些发达国家结核病疫情原已显著下降，但近来由于AIDS的流行，肺部卡氏肺孢子虫、巨细胞病毒感染以及结核病患者有所增多。而发展中国家在HIV感染和AIDS病人中主要并发结核菌感染，常见原先的陈旧性结核病灶复燃（内源性复发）。美国HIV阳性者每年约7％－10％发生结核病，据估计，90年代由于HIV和结核菌双重感染而增加结核病病例约700万，同时患有肺结核和AIDS病的患者诊断困难，疗效差，病死率高，预后不佳。