一、与细菌性腹泻鉴别
细菌性腹泻一般由非O-I群弧菌和产生肠毒素的大肠杆菌(ETEC)引起，前者多数病人的腹泻伴剧烈腹痛和发热，1/4的病人粪便呈血性，大肠杆菌引起的腹泻一般病程较短，两者与霍乱的鉴别有赖于病原学检查。
二、霍乱应与各种细菌性食物中毒相鉴别，如金黄色葡萄球菌，变形杆菌，蜡样芽胞杆菌及副溶血如金黄色葡萄球菌，变形杆菌，蜡样芽胞杆菌及副溶血弧菌引起者，各种食物中毒起病急，同食者常集体发病，常先吐后泻，排便前有阵发性腹痛，粪便常为黄色水样，偶带脓血。
三、如果部分的粪便呈洗肉水样或痢疾样，则需与细菌性痢疾鉴别，后者多伴腹痛和里急后重，粪便量少，呈脓血样。
四、与急性砷中毒相鉴别，急性砷中毒以急性胃肠炎为主要表现，粪便为黄色或灰白水样，常带血，严重者尿量减少，甚至尿闭及循环衰竭等，检查粪便或呕吐物砷含量可明确诊断。