在今天的美国，结核病完全是吸入户内污染结核分枝杆菌的空气而传染。空气的污染要求活动性结核患者必须咳出结核菌，并在空气中存留数小时。然而一个胎儿可以在出生前或出生时由吸入或吞入感染性羊水染上结核病，一个婴儿亦可在生后吸入含有感染飞沫的空气而患结核（见新生儿和婴儿感染）。在发展中国家，儿童可以由另外的引起结核病的分枝杆菌感染。这种病原菌称牛型结核分枝杆菌，可以由未消毒的牛奶传染。

受结核病感染的人的免疫系统常常破坏结核杆菌或在感染部位将其封闭起来。事实上，约90％～95％的结核感染封闭而从未引起注意。然而，有时细菌未被破坏而仍以休眠状态在作为清扫工的白细胞里面（称吞噬细胞）存在很多年。约80％的结核感染是由休眠菌的活跃引起。

生活在由最初感染留下的瘢痕中的细菌——常在一侧或双侧肺上部——可以开始繁殖，当人的免疫系统受损时如艾滋病，使用皮质类固醇，或高龄的人，休眠菌可发生活跃。在这种病例，感染是能危及生命的。

通常，感染结核病的人在1～2年内有5％的机会发展为活动性感染。结核病的进展在人与人之间有很大的差异，取决于如种族这样的因素。例如，在黑人和美洲土著人中结核病往往进展较白人更快。然而，进展的速度有赖于特别是人体免疫系统的强度。例如在艾滋病患者，活动性结核病的进展的发生要大很多倍，且更快得多。艾滋病患者感染结核病，有50％的机会在2个月内进展为活动性结核。如果这种感染的细菌发展对抗生素的耐药性，则此合并结核的艾滋病患者有50％在2个月内死亡。

活动性结核常从肺部开始（肺结核）。影响身体其他部分的结核（肺外结核）常来自肺结核，主要是通过血行播散。同肺一样，这种播散的感染可以不引起疾病，但细菌可以是休眠状态存在于小的瘢痕内。