首先，感染结核病后患者可以仅感觉不舒服或出现咳嗽，并被认为是吸烟或新近患流感所致。咳嗽在早上可伴有小量绿色或黄色痰，在疾病进展时痰量常常增多。最后，痰可以带血丝，但大量的咯血较少见。

最常见的症状之一是病人晚上醒时全身为冷汗浸透，甚至不得不更换睡衣及床单。这样一种出汗是由一种不为病人觉察的低热消退后引起的。

呼吸短促可以是在胸膜腔中存在空气（气胸）或液体（胸腔积液）的信号（见胸膜疾病）。约1/3的感染者的临床表现是这种胸腔积液形式，在年轻成人中约95％的胸腔积液是由结核分枝杆菌的新近感染引起。诊断常常难于确定，但有经验的医生知道此种情况必须按结核病处理，并且约一半的感染者将进展为肺部或其他器官的显性结核。

在新感染的结核病人中，结核菌从肺部病变处播散到引流相应肺部的淋巴结，如机体的自然防御能控制这种感染，它就不再进展，细菌成为休眠状态。然而，在儿童淋巴结可肿大和压迫支气管管道引起剧烈的咳嗽，并甚至可能引起肺萎陷。偶然，细菌随淋巴管道扩散形成颈部成簇的淋巴结肿大，此种感染的淋巴结可以穿破皮肤溃破而溢出脓液。

结核病亦可累及身体肺以外的其他器官，称为肺外结核。肾脏和骨骼大概是肺外结核最常见的部位。肾结核可以几乎没有症状，但感染可以破坏部分肾脏。然而感染可以扩散到膀胱，与其他膀胱感染不同，它亦可没有多少症状。

男性患者，感染也可扩散到前列腺、贮精囊和副睾，在阴囊中产生一个包块。女性患者结核病能在卵巢和输卵管结疤引起不育。从卵巢，感染可扩散到腹膜（腹腔表面的膜）。这种情况称为结核性腹膜炎，症状变化很大，从乏力和部位不定的上腹痛伴轻度触痛到类似阑尾炎的剧烈上腹痛。

感染可以扩散到关节，引起结核性关节炎，关节多成为发炎和疼痛，最常受累的关节是人体负重的关节（髋和膝），但腕部、手和肘部的骨头也可受累。

结核菌亦可感染皮肤、大肠和肾上腺。甚至曾有报道主动脉壁受染（人体主要的大动脉），引起其发生破裂。当结核菌扩散到心包（包绕心脏的膜性囊腔），心包扩张并积液，此种情况称结核性心包炎。积液可以妨碍心脏排血的能力。主要症状包括发热，颈静脉充盈和呼吸短促。

结核感染侵入大脑底部（结核性脑膜炎）是极为危险的。在美国和其他发达国家，结核性脑膜炎现在在老年人中最常见。在发展中国家，常见于从新生儿到5岁的婴幼儿。结核性脑膜炎的症状包括发热、持续性头痛，恶心和嗜睡，能导致昏迷。颈常常发硬，以至下颌不能接触到胸部。治疗越被延迟，越容易发生难挽回的脑损伤。有时当一个结核性脑膜炎的患者病情好转时，在大脑中常可留下一个肿瘤样的包块，称为结核瘤。这种结核瘤可引起如肌肉软弱，很像中风发作时的症状，并需要用外科手术来摘出。

在儿童细菌可感染脊柱（脊椎）和上、下肢长骨的末端。如脊椎骨受感染则发生疼痛。因为X线检查病人的脊柱可以显示正常，可能需要其他的诊断技术，如计算机断层扫描或磁共振成像。如此种情况未予治疗，可能有一二个脊椎萎陷而导致下肢瘫痪。

在发展中国家，结核杆菌可通过污染的牛奶传播，在颈部或小肠淋巴结构成病灶。由于消化道粘膜对细菌有抵抗力，感染仅在有大量的结核菌长时间存留小肠或免疫系统受损时才发生。肠结核可不引起任何症状，但可以引起受染部位的组织异常增生，可以被误诊为癌症。