抗生素常常能治愈甚至最严重的结核病患者。有5种抗生素可以应用，它们中的每一种都能杀死几乎所有细菌。因为一个活动性肺结核感染常含有上亿或更多的细菌，单独给予任何一种药总会留下一些能耐受这种药的细菌。因此，总是至少将两种作用机制不同的药物同时给予，这样联合用药就能实际上杀死全部细菌。治疗必须在患者感到完全恢复后长时间继续进行，因为长期用药可以杀死生长缓慢的细菌，并减少复发的机会接近于零。

最常用的抗生素为异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、链霉素和乙胺丁醇。前3种药物可以被放在同一胶囊里。这样减少了患者不得不每天要服的药丸数量，亦保证患者能服用适当的药物。

异烟肼、利福平和吡嗪酰胺能引起恶心和呕吐，作为它们对肝脏影响的一种结果。当恶心、呕吐出现时，药物必须停止，直到肝功能检查能够进行。如果检查结果显示是对药物之一的一种反应，通常能找到一种适当的替代药物以完成治疗。

乙胺丁醇开始即用相对较大的剂量以帮助迅速减少细菌的数量。此种剂量在2个月后应减少以避免对眼睛的有害副作用。链霉素是第一个发现的抗结核有效的药物，但必须要注射给药。虽然链霉素对晚期结核仍然是一种非常有效的药物，但如果给予大剂量或连续给药超过3个月，链霉素能影响人的平衡和听力。

外科部分肺切除在今天多数病例不再需要，如果病人坚定地执行药物诊疗计划。然而有时需要外科手术来引流某处积聚的脓液和偶然地用以矫正由结核病引起的脊柱畸形。