结核菌进入人体后被巨噬细胞吞噬，细菌在细胞内的存在和长期存活引发的宿主免疫反应是影响发病、疾病过程和转归的决定用性因素。
(一)结核分枝杆菌感染的自然史
感染3-8周后结核菌素(简称结素)皮试转阳，95%的免疫机制正常的健康感染者的原发综合征自然消退，成为潜伏感染人群，约5%在日后因潜在感染复燃而发病。
(二)结核菌感染的宿主反应及生物学过程
结核菌进入人体后宿主对结核菌的免疫反应在其发病、临床过程和转归上具有特殊意义。
经飞沫吸入的结核菌被巨噬细胞吞噬，活化的肺泡巨噬细胞，形成早期感染病灶。结核菌在巨噬细胞内的最初生长，形成中心呈固态干酪坏死的结核灶，能限制结核菌继续复制。由T细胞介导的细胞免疫和迟发型变态反应在此期形成。从而对结核病的演变、转归起决定性的影响。
共生期大部分感染者的结核菌可持续存活，细菌和宿主共生，纤维包裹的坏死灶干酪性中央部位被认为是细菌持续存在的主要场所。
干酪灶中包含具有生长能力但不繁殖的结核菌，干酪灶一旦液化便给细菌提供理想繁殖环境。