在流行季节有痢疾接触史或有不洁饮食史，出现发热、黏胨脓血便、里急后重等症状，应考虑本病。在夏秋季节，有突发高热、惊厥、面色苍白、四肢末梢发冷、脉细数者应考虑中毒型菌痢。本病有呕吐、腹痛症状，但若病人出现严重呕吐、持久的剧烈腹痛，应首先排除其他肠内、外疾病，以防误诊。应注意与下列各种疾病相鉴别:

①致病性大肠杆菌性肠炎 多发于2岁以下儿童，5-8个月发病率较高。粪便内可有黏液，有腥臭味，较为稀薄呈蛋花汤样，大便次数较多，容易引起脱水、酸中毒。镜检可有白细胞、脓细胞，通过粪便的细菌培养可以确诊。

②沙门氏菌肠炎 常常以家庭或集体发作，呕吐多见，大便黏液多于脓，常呈绿色胶冻状。里急后重较为少见，粪便细菌培养可以确诊。

③病毒性腹泻 多见于2岁内儿童。起病急，伴有上呼吸道感染症状，大便呈水样或蛋花汤样，可有少量黏液，无腥臭味。粪便细菌培养阴性，做免疫电镜检查、酶联免疫吸附测定及聚丙烯酞胺凝胶电泳检测，以及病毒分离对诊断本病有帮助。

④阿米巴痢疾 南方多见，多发于年龄较大的儿童。起病较慢，大便次数较多，但无里急后重，大便有血和黏液，呈紫红色果酱样，新鲜大便黏液镜检可以找到阿米巴滋养体。

⑥出血性小肠炎 发病急，有腹痛、腹胀、呕吐等症状。大便呈血水便，晚期常常出现休克。粪便培养阴性，X线检查有助于诊断本病。

⑥流行性乙型脑炎 其流行季节与中毒型痢疾相同。在中毒型痢疾缺乏肠道症状时，二者相似。脑脊液检查对于流行性乙型脑炎的诊断有帮助;而温盐水灌肠，以灌出物镜检或培养，可以明确中毒型痢疾的诊断。

⑦霍乱与副霍乱 于流行季节来自疫区，有食用水产品史，出现急性呕吐和腹泻、水量多，呈淘米水样，粪便的细菌培养可以帮助诊断。

⑧肠结核 可以出现脓血便，与菌痢类似，但其发病缓慢，有结核病史、可有午后低热及盗汗，结核菌素试验阳性;粪便培养有助于诊断。