针对慢性乙型肝炎有多种药物：α干扰素、PEG干扰素、恩替卡韦、拉米夫定、替比夫定和阿德福韦。此外还有其它药物目前正在试验阶段。每种药物的有效性差别不大，但对于具体患者这可能因人而异。治疗方案应由医师针对病人的具体情况制定。

干扰素针剂（IFN）和抗病毒口服药是两类完全不同的抗乙肝病毒药：抗病毒口服药有直接抗乙肝病毒作用，抑制病毒复制的作用较强，控制症状较快，极大多数病人都能获得治疗效果；干扰素也有抗病毒作用，但主要是免疫调节剂，每个病人对激发免疫的反应不一样，不是每个病人都有效。

抗病毒口服药没有免疫效应，故数年内不能停药，停药后多数会复发；干扰素治疗成功的病人已经激发了充分的免疫功能，对“大三阳”的清除率较高，转换为“小三阳”后停药能持续抑制病毒复制，使炎症持续缓解，停药后复发较少，抗病毒效果比较稳定，治疗有效的病人数年内可能“小三阳”清除而痊愈。

抗乙肝病毒药物批准的只有2类干扰素（普通干扰素和聚乙二醇干扰素）和4种抗病毒口服药(核苷类药)。普通干扰素有多种国产药；聚乙二醇干扰素是长效制剂，有2种商品：派罗欣和配乐能。核苷类药有拉米夫定（贺普丁）、阿德福韦（贺维力）恩替卡韦（博路定）和替比夫定（素比伏）。

中国医药市场正在整顿中，有些药物尚未批准就做广告；有些药物虽作为护肝药已批准，但并未批准其作为抗病毒药物。规范的医院和规范的医生只能用规范的药物。