干扰素6～12个月治疗，疗效的指标是清除“大三阳”，即HBeAg转阴；血清转氨酶正常；病毒检不出来。干扰素通过激发病人的免疫获得疗效，停药后结果相当稳定，经过几年甚至“小三阳”也能清除掉。

正因为干扰素须通过免疫激发获得疗效，每个人的反应很不一样。有些病人2～4个月就获得了3个疗效指标，有的2～3年才有可能，多数病人需要8～10个月。有些病人即使经过较长时期的治疗仍然无效。

干扰素治疗“大三阳”的慢性乙型肝炎，近期疗效要达到：“大三阳”转为“小三阳”，HBV DNA检不出和肝功能正常。“小三阳”的慢性乙型肝炎要达到HBV DNA检不出和肝功能正常。一般“大三阳”的病人需要治疗8～10个月；“小三阳”的病人较易复发，至少要治疗12个月。

用干扰素治疗有不少不良反应，因已应用多年，只要与医生紧密配合，在医生的严密观察下，治疗是安全的。有些病人不适合用干扰素，如精神病、未控制的癫痫，自身免疫性疾病、未控制的糖尿病，未控制的中、重度高血压、心功能不全，酗酒、吸毒，黄疸、失代偿性肝病等。 

长效干扰素：
长效的聚乙二醇制剂是第二代改进了的干扰素，同样有干扰素的共性。普通干扰素每周注射3次，每次只能维持治疗浓度十来个小时；长效干扰素每周注射1次，能持续保持血液中的药物浓度。

长效干扰素明显提高了治疗效率；对病毒水平很高的难治病人也可能有效；有些普通干扰素治疗失败的病人改用长效干扰素后获得了疗效。长效干扰素的复发率很低，对容易复发的“小三阳”病人是较好的选择。长效干扰素的疗程1年，超过半数病人可以获得稳定的治疗效应，即“大三阳”转为“小三阳”；血清转氨酶正常；病毒检不出来。在这些有效的病人中，近10%在治疗结束时，连代表“小三阳”的乙肝表面抗原（HBsAg）也能清除，比普通干扰素的清除率较高。“小三阳”清除了，可以说慢性乙型肝炎已经治愈。但是在治疗结束时的治愈率还较低，在接受长效干扰素治疗的全体病人中还不到5%。

长效干扰素因延长血液浓度而提高了疗效，也因延长血液浓度而增加了不良反应，不良反应的性质与普通干扰素相同。