祛邪截疟是治疗疟疾的基本原则。在诊断为疟疾后，即可截疟。在此基础上，根据疟疾证候的不同，分别结合和解表里、清热保津、温阳达邪、清心开窍、化浊开窍、补益气血等治法进行治疗。

对于疟疾的治疗，古代医家积累了许多宝贵经验，值得重视。如《明医杂著.疟病证治》说：“邪疟及新发者，可散可截；虚疟及久者，宜补气血。”《万病回春.疟病》说：“人壮盛者，宜单截也”；“人虚者，截补兼用也”；“疟久不愈者，先截而后补也”；“疟已久者，须调养气血也”。