引起手足口病的病毒很多，主要为小RNA病毒科肠道病毒属的柯萨奇病毒、埃可病毒和新肠道病毒。CoxA组的16、4、5、7、9、10 型，CoxB组的2、5、13 型，以及EV 71型均为手足口病较常见的病原体，最常见为Cox Al6及EV 71型,有的报导埃可病毒及CoxB组某些型也可引起，但仍没获得到进一步证实。

从有关资料表明，手足口病的病原体经历了较大的变迁。 肠道病毒适合在湿、热的环境下生存与传播，对药物具有抗性， 75％酒精，5％来苏对肠道病毒没有作用，对乙醚，去氯胆酸盐等不敏感。但对紫外线及干燥敏感，各种氧化剂(高锰酸钾、漂白粉等)、甲醛、碘酒都能灭活。病毒在50 ℃可被迅速灭活，但1mol浓度二价阳离子环境可提高病毒对热灭活的抵抗力，病毒在4 ℃可存活1年，在- 20 ℃可长期保存，在外环境中病毒可长期存活。