本病如无并发症，预后一般良好，多在一周内痊愈。

治疗原则主要为对症治疗。可服用抗病毒药物及清热解毒中草药及维生素B、维生素C等。有合并症的病人可肌注丙球蛋白。在患病期间，应加强患儿的护理，作好口腔卫生。进食前后可用生理盐水或温开水漱口，食物以流质及半流质等无刺激性食物为宜。手足口病因可合并心肌炎、脑炎、脑膜炎、驰张性麻痹等，故应加强观察，不可掉以轻心。

如有并发症，则对症处理