潜伏期3～5天，有低热，全身不适，腹痛等前驱症，1～2天内口腔，咽，软腭，颊黏膜，舌，齿龈出现疼痛性粟粒至绿豆大小水疱，周围绕以红晕，破溃成小溃疡，由于疼痛，常流涎和拒食，同时手足亦出现皮疹，在手足的背侧面和手指(趾)背侧缘，甲周围，掌跖部，出现数目不定的水疱，除手足口外，亦可见于臀部及肛门附近，偶可见于躯干及四肢，数天后干涸，消退，皮疹无瘙痒，无疼痛感，个别儿童可出现泛发性丘疹，水疱，伴发无菌性脑膜炎，脑炎，心肌炎等，一般经过良好，全病程约5～10天，多数可自愈，预后良好。
手足口病发生时，病儿常以发热起病，其热度不等，也有不发热者，但以低热者居多约点半数，且常伴有流涎，流涕，口痛，咽痛及厌食等症状，临床以口腔，手足疱疹为主要特征，口腔疱疹见于舌，颊粘膜，硬腭，口唇，咽及扁桃体，约3mm大小，并迅速破溃形成溃疡，皮疹多见于手足远端，手指指间，足跟边缘和甲周，手掌和足跖亦多见，下肢及臀部可呈密集分布的丘疹样皮疹，初起为斑丘疹，后转变为疱疹，圆形或椭圆形，约3~7mm如米粒大小，较水痘皮疹为小，质地较硬，周围有红晕，疱疹数目少的仅几个，多的几十个，一般病程较轻而短，多于1周左右痊愈，皮疹消退后不留瘢痕或色素沉着，如有继发感染常使皮肤损害加重。
手足口病一年四季均可见到，以夏秋季较多，发病初期先有发热，咳嗽，流涕和流口水等像上呼吸道感染一样，有的孩子可能有恶心，呕吐等症状，以后手，足的指及趾背部出现椭圆形或梭形的水泡，疱的周围有红晕，水疱的液体清亮，水疱的长轴与皮纹是一致的，然后水疱的中心凹陷，变黄，干燥，脱掉(脱屑)，另外指，趾端有散在的比较坚硬的淡红色丘疹或者疱疹，同时，在口腔里，如嘴唇，舌，口腔粘膜，齿龈上也有散在的水疱，但口腔里的水疱很快破溃而形成灰白色的小点或灰白色的一层膜，其周围有红晕，在灰白色的膜下可以见到点状或片状的糜烂面，手足口病是由病毒感染引起的，感染源为疱疹液，咽喉分泌物，粪便污染的手，玩具，食具等，它的潜伏期是3—8日。