由于新生儿呼吸道黏膜清除功能不成熟，气道窄，免疫力低下，易罹患肺部感染。新生儿肺炎常通过宫内感染、分娩过程中感染和出生后感染3种途径引起。
1、宫内感染：
宫内感染主要是通过胎盘传播，主要的病原体为病毒，如巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、肠道病毒等，常由母亲妊娠期间原发感染或潜伏感染复燃、病原体经血行通过胎盘感染胎儿，引起胎儿肺、肝、脑等多系统感染。因此，肺炎通常为宫内全身感染的一部分，疾病严重程度与宫内感染时间有关。孕母细菌、克雷伯菌、原虫或支原体等感染也可经胎盘感染胎儿，但较少见。
2、分娩过程中感染：
分娩时胎儿通过产道吸入污染的羊水或母亲宫颈分泌物感染肺炎。常见病原体为大肠埃希菌、肺炎链球菌、克雷伯菌、李斯特菌、E族溶血性链球菌等，也有病毒、解脲支原体或沙眼衣原体。早产、滞产、产道检查过多更易诱发感染。
3、出生后感染：
远较上述两种途径发生率高，主要感染途径呼吸道途径、血行感染、医源性途径。