肺炎支原体经飞沫传播，侵入呼吸道黏膜后，通过其特殊的结构，紧密吸附于易感宿主的细胞膜的受体上，在其表现增殖并释放毒性物质，如过氧化氢，酶，膜脂类等，造成组织损伤，其基本病理改变是间质性肺炎及急性毛细支气管炎，显微镜下可见局部黏膜组织充血，水肿，变厚，细胞膜被损伤，上皮细胞纤毛运动消失，单核细胞及浆细胞浸润，细支气管中可见到中性粒细胞及坏死的上皮细胞。