儿童慢性咳嗽的处理原则是明确病因，针对病因进行治疗。如病因不明，可进行经验性对症治疗以期达到有效控制，如果治疗后咳嗽症状没有缓解，应重新评估。镇咳药物不宜应用于婴儿。
(1) 药物治疗
① 祛痰药物：慢性咳嗽如伴有痰，应以祛痰为原则，不能单纯止咳，以免加重或导致气道阻塞，可以选用N-乙酚半胱氨酸、盐酸氨澳索、愈创木酚甘油醚、桃金娘油和中药祛痰剂等。
② 抗组胺药物：如氯苯那敏、氯雷他定、西替利嗦等。
③抗菌药物：明确为细菌或肺炎支原体、衣原体病原感染的慢性咳嗽者可考虑使用抗菌药物。肺炎支原体或衣原体感染者可选择大环内醋类抗生素，包括红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。其他病原菌感染在初始经验治疗后，如需调整抗生素，应按药敏试验结果选用。
④ 平喘抗炎药物：包括糖皮质激素、β2受体激动剂、M受体阻断剂、白三烯受体拮抗剂、茶碱等药物。主要用于CVA、EB、过敏性鼻炎等的针对性治疗。糖皮质激素治疗2-4周后要再评估。感染后咳嗽一般可自行缓解，对症状严重者可考虑短期使用吸入或口服糖皮质激素、白三烯受体拮抗剂或M受体阻断剂。
⑤ 消化系统药物：主张使用H受体拮抗剂如西咪替丁和促胃动力药如多潘立酮等。
⑥ 镇咳药物：慢性咳嗽尤其在未明确病因前不主张使用镇咳药，且该类药物的使用与一些疾病的发病率和死亡率有关，美国儿科学会警示，可待因禁用于治疗各种类型的咳嗽。非那根的镇静作用有可能误导家长，应用该药减少孩子的吵闹而忽视了该药的不良反应，包括烦躁、幻觉、肌张力异常，甚至呼吸暂停、婴儿猝死。不良反应在婴儿中表现明显，致WHO提出警告：非那根禁用于2岁以下儿童，禁止作为镇咳药物。
(2)非药物治疗
注意去除或避免诱发、加重咳嗽的因素。避免接触过敏原、受凉、烟雾的环境;对鼻窦炎可进行鼻腔灌洗、选用减充血药;体位变化，改变食物性状，少量多餐等对GERC有效;对气道异物者则应及时取出异物;药物诱发性咳嗽最好的治疗方法是停药;对心因性咳嗽则可给予心理疗法;及时接种疫苗，预防呼吸道传染病和呼吸道感染。