X线胸片是儿童咳嗽的最基本检查手段，对所有持续咳嗽的儿童应作为常规检查，有些病人还必须进行胸部高分辩率CT(HRCT)检查，以评估小气道的状态，敏感度甚至优于肺功能的指标。肺功能检查(>6岁)对于儿童咳嗽是否存在可逆性气道阻塞的诊断十分有帮助，必要时可进行支气管激发(舒张)试验，以了解气道的反应性。通过X线胸片和肺功能检查，可以发现大多数常见的导致儿童咳嗽的原因。但应当指出，儿童气道反应性增高并不一定表示其患有哮喘。
儿童持续咳嗽进行纤维支气管镜检查的指征为：(1)怀疑有气道畸形;(2)放射学检查显示有局限性变化;(3)异物吸入;(4)评估肺部吸入的疾病状态;(5)肺部微生物学检查;(6)肺泡灌洗。一项欧洲的系列研究显示，1233例儿童慢性咳嗽的病人中，有11.6%符合进行纤维支气管镜检查的指征。
虽然许多儿童咳嗽与过敏状态有一定的关系，但无必要对所有的儿童咳嗽者都常规进行过敏原检测，因其对疾病的确诊意义有限。但当怀疑哮喘是导致咳嗽的原因时，过敏原检测则有助于疾病的处理。在成人，诱导痰液检查有助于嗜酸性粒细胞性支气管炎的诊断，并可作为使用激素治疗咳嗽的一种判断依据，但是其在儿童咳嗽中的价值尚未被确认。支气管肺泡灌洗液的细胞分析和呼出NO测定在儿童咳嗽的诊断中的意义也尚未确定。