体质因素（30%）：
本病主要发生在婴幼儿，其内因特点：
1、婴儿胃肠道发育不够成熟，酶的活性较低，但营养需要相对地多，胃肠道负担重。
2、婴儿时期神经，内分泌，循环系统及肝，肾功能发育均未成熟，调节机能较差。
3、婴儿免疫功能也不完善，血清大肠杆菌抗体滴度以初生至2周岁最低，以后渐升高，因而婴幼儿易患大肠杆菌肠炎，母乳中大肠杆菌抗体滴度高，特别是初乳中致病性大肠杆菌分泌型IgA高，所以母乳喂养儿较少发病，患病也较轻，同理小婴儿轮状病毒抗体低，同一集体流行时，小婴儿罹病多。
4、婴儿体液分布和成人不同，细胞外液占比例较高，且水分代谢旺盛，调节功能又差，较易发生体液，电解质紊乱，婴儿易患佝偻病和营养不良，易致消化功能紊乱，此时肠道分泌型IgA不足，腹泻后易於迁延。
感染因素（35%）：
分为消化道内与消化道外感染，以前者为主。
1、消化道内感染：致病微生物可随污染的食物或水进入小儿消化道，因而易发生在人工喂养儿，哺喂时所用器皿或食物本身如未经消毒或消毒不够，亦有感染可能，病毒也可通过呼吸道或水源感染，其次是由成人带菌（毒）者的传染，如病房内暴发细菌性（或病毒性）肠炎后部分医护人员受染，成为无症状肠道带菌（毒）者，可导致病原传播。
2、消化道外感染：消化道外的器官，组织受到感染也可引起腹泻，常见于中耳炎，咽炎，肺炎，泌尿道感染和皮肤感染等，腹泻多不严重，年龄越小者越多见，引起腹泻的原因一部分是因为肠道外感染引起消化功能紊乱，另一部分可能是肠道内外均为同一病原（主要是病毒）感染所引起。
3、滥用抗生素所致的肠道菌群紊乱：长期较大量地应用广谱抗生素如氯霉素，卡那霉素，庆大霉素，氨苄青霉素，各种头孢霉素，特别是两种或以上并用时，除可直接刺激肠道或刺激植物神经引起肠蠕动增快，葡萄糖吸收减少，双糖酶活性降低而发生腹泻外，更严重的是可引起肠道菌群紊乱，此时正常的肠道大肠杆菌消失或明显减少，同时耐药性金黄色葡萄球菌，变形杆菌，绿脓杆菌，难辨梭状芽胞杆菌或白色念珠菌等可大量繁殖，引起药物较难控制的肠炎。
消化功能紊乱（35%）：
因饮食因素、不耐受碳水化物、食物过敏、药物影响、其他因素：如不清洁的环境，户外活动过少，生活规律的突然改变，外界气候的突变（中医称为“风，寒，暑，湿泻”）等，引起消化功能紊乱也易引起婴儿腹泻。