1、杆菌痢疾
婴儿痢疾表现多不典型，常无脓血便，临床呈一般腹泻的表现，较难鉴别，应注意流行情况，常能问出接触史，排便前常哭闹，显示里急后重，仔细观察可见患儿大便频繁，但每次量不多，有时可见水样便粪质中混有脓血，镜下有较多脓细胞，红细胞和吞噬细胞，而大肠杆菌肠炎每次便量多，一部分每次可达20ml以上，大便中粘液常见，但极少稠脓，偶有少数白细胞与红细胞，应培养鉴别。
2、婴儿出血性肠炎
起病与大肠杆菌肠炎无异，但治疗后腹泻不止且病情加重，腹胀较重，高热，频繁呕吐，重者吐咖啡样物，大便早期呈水样，潜血试验阴性，以后出现典型的暗红色果酱样大便，脱水重，可早期出现休克，中毒症状重者可昏迷，惊厥。
3、“生理性腹泻”
渗出性体质小儿可生后不久即开始排黄绿色稀便，大便次数多，但不吐，食欲好，体重增加正常，到添加辅食后，大便自然恢复正常。