针对病原体采用适当的抗菌药物，尤对严重病例为然。
1、对致病性大肠杆菌感染：除侵袭型大肠杆菌外，很少侵入组织，细菌大量聚积在肠道内，应选用肠道不易吸收的杀菌药，疗效不好时，应测药物敏感试验，作为用药参考，常用药物用：卡那霉素、庆大霉素、巴龙霉素、甲氧苄氨嘧啶。
2、对侵袭型大肠杆菌感染：肠道不吸收的杀菌药对此类感染疗效不好，可采用治疗杆菌痢疾的药物，氨苄青霉素效果较好，剂量50mg/kg·d，分4次静脉注射。
3、对鼠伤寒感染：旯好根据药敏感试验选用抗生素，药敏结果未出前，用氨苄青霉素或复方新诺明等。
4、对菌群紊乱之后继之金黄色葡萄糖菌，绿脓杆菌或变形杆菌感染：发现有早期菌群紊乱情况时，应及时停原用抗生素，给口服乳酶生0.3～0.9g每日3次，可扶植肠道常住菌，抑制致病的过路菌，并加服复合维生素B，维生素C和叶酸，可在数日内纠正肠道菌群紊乱，症状也随之好转，如好转不明显且大便涂片大肠杆菌明显减少时，可用正常婴儿大便5～10g，以生理盐水混成混悬液，每日1次，直肠保留灌肠，可较快恢复，有金黄色葡萄球菌感染者，可选用：红霉素，新型青霉素，庆大霉素，万古霉素或先锋霉素Ⅵ治疗；有绿脓杆菌感染时选用多粘菌素Ｂ，羧苄青霉素或庆大霉素；有变形杆菌感染时选用氨苄青霉素，卡那霉素或头孢霉素治疗。
5、对轮状病毒感染：用α干扰素10u/次，每日2次肌注注射，连续3～5天治疗秋季腹泻有显著疗效。
6、对空肠弯曲菌感染：以红霉素为首选药物，剂量25～50mg/kg·d，分3～4次口服，对庆大霉素，新霉素，痢特灵亦敏感，但对复方新诺明不敏感。
7、对肠炎耶氏菌感染：新霉素和磺胺药均有效。
8、对真菌感染：口服制霉菌素，剂量12.5万～50万单位，每日2～4次，同时停用原来应用的抗生素，如肠道吸收功能受损明显，宜选用注射药物，如二性霉素乙。