1.感染
大多数输卵管疾病继发于感染，尤其是盆腔炎症性疾病（PID）。感染的其他可能原因包括阑尾穿孔、流产后感染或手术后并发症，如子宫内膜异位症和外科手术造成的炎症状态，由于粘连可导致输卵管的闭塞。罕见的是，胚胎源性的输卵管缺如，这也是不孕的一个因素，最后病因也可能是医源性的，如输卵管结扎。
虽然盆腔炎症性疾病可能由多种微生物引起，但衣原体是引起不孕的主要因素，在应用抗菌治疗之前，对输卵管的损伤可能已经存在，有时感染可能是亚临床型的，诊断和治疗前已经存在输卵管中数月之久，这与淋病奈瑟氏菌引起的PID急性发作形成显明对比。现在高度怀疑衣原体感染是通过免疫病理机制损伤了输卵管的黏膜，而淋病奈瑟氏菌则通过相关的细胞毒性，其他隐性感染的病原菌包括人型支原体和内源性的需氧菌或厌氧菌，发展中国家盆腔结核占输卵管因素不孕的40%。
感染性流产是输卵管因素不孕的另一主要危险因素，术前检查包括细菌性阴道病和宫颈炎，必要时应行培养和血清学检查，术前了解化验结果，人流术后我们常规预防性应用抗生素。
2.炎症/粘连
外科手术引起的组织创伤也能导致炎症前状态甚至粘连，术后粘连发生率大约为75%，腹腔镜不能防止粘连后遗症的发生。粘连屏障（如防粘连膜）的应用平均可减少50%的粘连发生，粘连的切除将增加不孕的比率，如果严重疾病存在，体外受精-胚胎移植（IVF-ET）可能是惟一的选择。