在临床中，本病应与单纯性口腔溃疡，瑞特综合征，强直性脊柱炎，炎症性肠病等相鉴别。
1.单纯性复发性口腔溃疡是—种最常见的具有反复发作特征的口腔粘膜溃疡性损害，多发生于青壮年，唇，颊，舌尖，舌边缘等处粘膜好发，最初，口腔粘膜充血(发红)，水肿(略隆起)，出现小米粒大小的红点，很快破溃成圆形或椭圆形溃疡，中央略凹下，表面有灰黄色的苔，周围有狭窄红晕，有自发性剧烈烧灼痛，遇刺激疼痛加剧，影响病人说话与进食，一般无明显全身症状，而白塞病是一种全身性疾病，不仅有口腔溃疡，而且有眼部病变，会阴溃疡和针刺反应等。
2.瑞特综合征虽可有口腔溃疡，龟头炎及结膜炎，易与白塞病相混淆，但前者无针刺反应和静脉炎。
3.强直性脊柱炎的基本病变是附着点炎，常常HLA— B27阳性，严重或晚期者出现脊柱强直，脊椎关节呈竹节样改变，可与白塞病区别。
4.克隆病可有口腔溃疡，主要表现为消化道节段性的溃疡或增生，肠道内可呈铺路卵石样改变;溃疡性结肠炎表现为下消化道的溃疡，主要为乙状结肠的病变，可以由下向上发展至回肠，有人称之为“倒灌性回肠炎”，炎症性肠病的病人多有较严重的腹泻，大便为脓血样，而且X线或纤维结肠镜检查可以辅助诊断，并与白塞病鉴别。
5.系统性红斑狼疮 可有眼部病变，口腔溃疡及神经，心血管系统病变，但其病情进行性加重，并不呈周期发作性，而且LE细胞，抗核抗体阳性，这些异常发现决不见于白塞病。
6.韦格内肉芽肿 虽有眼部病变及多系统损伤，但其病情进行性恶化，肺部X线检查可见有变化多端的浸润影，有时可有空洞形成，组织病理特征为肉芽肿性血管炎，而且肾功能损害严重，无阴部溃疡，针刺试验阴性，很易与白塞病相鉴别。
7.结核性关节炎 有时伴有结节性红斑，但无眼部损害及阴部溃疡，一般也无心血管及神经系统损害，抗结核治疗有效，虽然结核菌感染可引起白塞病，对抗痨治疗有效，但结核杆菌引起的白塞病不仅有结节性红斑和关节炎，而且还有血管系统，神经系统及黏膜改变，二者鉴别并不困难。
8.多发性大动脉炎 当白塞病以血管病变为主要临床表现时，应与多发性大动脉炎相区别，后者主要表现为上肢或下肢无脉症，无口腔，阴部溃疡，组织病理改变为巨细胞动脉炎，无静脉改变，针刺反应阴性，很少有皮损。