近年来对LN发病机制的研究虽有很大发展，但到目前为止对这一多因素，多方面的复杂机制尚未十分清楚。
1.目前公认LN是典型的自身免疫复合物肾炎 其证据为：
(1)血浆中球蛋白，γ球蛋白及IgG增高。
(2)体内有大量的自身抗体，包括核内的抗单，双链DNA，抗SM，抗RNP，抗核蛋白等;胞质内的抗La，Ro等;细胞的抗淋巴细胞，抗血小板，抗内皮细胞等以及细胞外基质的某些成分蛋白如基底膜上的IV型胶原等，其中DNA-抗DNA抗体是引起肾脏损害的主要免疫复合物之一。
(3)患者循环中免疫复合物阳性，免疫荧光检查证实肾组织有DNA-抗DNA免疫复合物沉积。
(4)存在低补体血症。
(5)组织学改变呈免疫反应特征，包括淋巴细胞及浆细胞浸润。
(6)使用皮质激素及细胞毒药物治疗有效。
2.免疫复合物的形成与沉着是LN引起肾损害的主要机制
(1)循环免疫复合物在肾脏沉积：一些外来抗原(如病毒)和内源性抗原(如DNA，免疫球蛋白，淋巴细胞表面抗原等)作用于免疫调节功能异常的患者，使B淋巴细胞高度活跃增殖，产生大量自身抗体，并与相应抗原结合形成免疫复合物沉积于肾脏，并引起肾小球损伤，这是主要发病机制，该过程受到循环免疫复合物大小，电荷性，亲和性及肾小球系膜对其清除能力，局部的血流动力学等影响，该形式主要导致系膜增殖及毛细胞血管内皮增殖型病理改变。
(2)种植抗原：核抗原或其他抗原预先在肾小球上皮下结合，形成所谓种植抗原，再与相应循环中抗体相结合，形成原位免疫复合物。
(3)原位免疫复合物形成：循环抗体和肾小球，肾小管或血管壁基底膜内源性抗原相结合，形成原位免疫复合物。