有的在阿米巴痢疾期形成，有的发生于痢疾之后数周或数月，也有长达二三十年之久。当人们吞食阿米巴包囊污染的食物或饮水等经胃液消化，在肠内释放原虫并大量繁殖，侵犯结肠黏膜形成溃疡，常见于盲肠、升结肠等处，少数侵犯乙状结肠和直肠。
寄生于结肠黏膜的阿米巴原虫，分泌溶组织酶，消化溶解肠壁上的小静脉后，原虫侵入静脉，随门静脉血流进入肝脏原虫也可以穿透肠壁直接侵入肝脏，或经淋巴管到达肝内，少部分存活原虫在肝脏内繁殖，引起肝组织充血炎症，造成门静脉阻塞，从而肝组织局部缺血坏死。部分存活原虫在肝内繁殖，溶解肝组织而形成脓肿。