囊肿压迫胃部患者不敢正常进食或饱餐，挤压心脏时可以出现心衰，有的病人因为肝左叶囊肿，挤压到心脏。每天必须吸氧，而且因为心衰，两年没有下床。经过治疗后病人能够下地行走，再不用吸氧。
肝囊肿可以出现肝区疼痛，腹胀，有时囊肿突然增大或继发感染，可以突然腹痛加剧，或发烧。有时上腹部可触及包块，有的病人出现腹痛，呕吐，黄疸。