对于肝脏单纯性囊肿的治疗，首先需要建立正确的诊断，以防将一些恶性或潜在恶性的囊性病变误认为单纯性肝囊肿而延误治疗。尤其是肝脏囊腺瘤易发生恶变，故应与单纯性囊肿鉴别。
以往有较保守的处理方法，如囊肿穿刺抽液、囊肿内注射硬化剂等，均应存在一些缺陷，疗效不理想，而被淘汰。
无症状的单纯性囊肿一般不需要外科处理。当囊肿直径大于5.0cm以上，且有明显压迫症状时，根据囊肿大小、部位不同，可考虑行腹腔镜下囊肿开窗引流术或肝囊肿切除术。