丙型肝炎是引起慢性肝炎的常见原因。大约75％的急性丙型肝炎转化为慢性肝炎。乙肝病毒，有时丁肝病毒，可引起少数慢性肝炎，甲型和戊肝病毒不引起慢性肝炎。药物如甲基多巴、异烟肼、呋喃妥因和醋氨酚引起慢性肝炎，特别是长期服用更是如此。肝豆状核变性，一种罕见的遗传性铜代谢异常疾病（见维生素和矿物质），可在儿童和年轻人中引起慢性肝炎。

为什么同样的病毒、药物在一些人中引起慢性肝炎，而在另一些人则不会，原因尚不清楚。为什么严重程度不同也不明了。一种解释是慢性肝炎病人，其体内免疫系统对病毒和药物产生了过度反应。

许多慢性肝炎病人不能发现明显的病因，这些人中的一部分，似乎体内过度的免疫反应引起慢性肝炎，这种情况称为自身免疫性肝炎，妇女比男性更为常见。