许多病人患病数年而不表现出肝损害，一些病人病情逐渐加重，如果是乙肝或丙肝病毒引起，使用抗病毒药物干扰素能消除炎症。但该药很贵，有副作用，一旦治疗停止肝炎会复发，所以，应选择病人进行治疗。

自身免疫性肝炎通常采用皮质类固醇治疗。有时配合甲氨蝶呤，这些药物能控制炎症，消除症状，改善长期生存状况。尽管如此，肝内纤维化可渐渐加重，非持续的治疗通常导致复发，因此绝大多数病人不得不长期用药。数年后，约50％自身免疫性肝炎病人发展成肝硬化、肝衰竭或两者同时并存。如果怀疑某种药物引起慢性肝炎，停服该药，如此慢性肝炎可能消失。不管慢性肝炎的病因和类型，任何并发症如腹水、肝性脑病，均需治疗。