由于肝脏血供丰富，一旦发生化脓性感染，可迅速导致明显的全身症状，并在短期内明显加重。临床常见先有某些先驱化脓性感染，如胆道炎症、化脓性阑尾炎，继而寒战高热、肝区疼痛、肝迅速肿大、白细胞增高，并伴乏力、纳差、恶心、呕吐重者出现全身脓毒症状。肝痛乃较有定位价值的症状，大多由于肝脏迅速肿大、肝包膜膨胀，故钝痛较多，呈持续性；但亦有表现为胀痛、灼痛、跳痛、甚或绞痛者；如脓肿刺激右膈可出现右肩、背痛。发热常为驰张型中等偏高，多伴寒战出汗但亦有15%左右无发热。多发性脓肿症状常明显重于单个脓肿。重症病人可出现黄疸。肝脓肿尚可穿破进入邻近腔隙导致胸腔或肺部感染、膈下脓肿、腹膜炎、盆腔脓肿等。如就诊时已出现并发症常混淆诊断。右肝上部脓肝出现右侧胸腔反应性积液者并不不见。

细菌性肝脓肿体征有：重病容，可有轻度黄疸，肝肿大并有压痛或叩痛，如脓肿位于上方则示肝上界抬高，或有右侧胸腔积液征，肝脓肿部位局部皮肤可有凹陷性水肿，甚或局部隆起。化验可见白细胞显著增高，中性比例达90%左右，甚者出现左移。