细菌性肝脓肿多为继发病变，其临床表现受原发疾病的影响，多系在原发病病程中骤起寒战、高热、大汗，肝区或右上腹痛并伴有厌食、乏力和体重减轻等症状，多发性肝脓肿症状最重，单发性者症状较为隐匿。查体有时可见右季肋区呈饱满状态，有时甚至可见局限性隆起，右下胸及肝区叩击痛，肋间有压痛及皮肤可出现凹陷性水肿；肝脏常肿大，有明显触痛，严重时，由于肝脏的广泛性损害可出现黄疸和腹水。化验检查白细胞计数及中性粒细胞增多，有时出现贫血。肝功能试验可出现不同程度的损害，X线胸部透视：右叶脓肿可见右膈肌升高，运动受限；肝影增大或局限性隆起；有时伴有反应性胸膜腔积液。左叶脓肿，X线钡餐检查常有胃小弯受压，推移征象。超声波检查在肝内可显示液平段。肝扫描，CT及选择性肝动脉造影对诊断肝脓肿的存在和定位有一定价值。

细菌性肝脓肿的严重并发症是向膈下，腹腔、胸腔穿破以及胆源性肝脓肿引起胆道大出血。