病原菌可来自以下几种途径：

①胆道系统的上行性感染，主要为胆管炎和胆囊炎时，细菌沿胆道上行蔓延到肝。此种感染较为常见。

②血源性感染，主要见于细菌性心内膜炎和脓毒败血症时，此时血中含有的细菌或含菌栓子，经肝动脉入肝引起肝脓肿。

③直接感染，如肝开放性创伤或肝周围组织的器官的感染灶直接扩延，以及婴儿的脐带感染等。

感染细菌多数为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌、链球菌等。