肝脓肿诊断明确，应收住院根据其性质分别采取不同治疗。病情较轻的阿米巴肝脓肿可门诊服用甲硝唑或甲硝达唑0.4-0.8g。口服3/d，疗程5-10天，或静脉点滴1.5-2.0g/d。哺乳期妇女，妊娠3个月内孕妇及中枢神经系统疾病者禁用。氯喹：成人第一、二天1g/d，第三天以后0.5g/d，疗程2-3周。细菌性肝脓肿必须住院治疗。
细菌性肝脓肿是一种严重的疾病，必须早期诊断，早期治疗。
1、全身支持疗法：给予充分营养，纠正水和电解质及酸碱平衡失调，必要时多次小量输血和血浆以增强机体抵抗力。
2、抗生素治疗：应使用较大剂量。由于肝脓肿的致病菌以大肠杆菌和金黄色葡萄球菌最为常见，在未确定病原菌之前，可首选对此两种细菌有效的抗菌素，然后根据细菌培养和抗菌素敏感试验结果选用有效的抗菌素。
3、手术治疗：对于较大的单个脓肿，应施行切开引流，病程长的慢性局限性厚壁脓肿，也可行肝叶切除或部分肝切除术。多发性小脓肿不宜行手术治疗，但对其中较大的脓肿，也可行切开引流。