肝脓肿的病因主要是由溶组织阿米巴原虫或细菌感染所引起阿米巴肝脓肿的发病与阿米巴结肠炎有密切关系且脓肿大多数为单发;细菌性肝脓肿的细菌侵入途径除败血症外可由腹腔内感染直接蔓延所引起亦可因脐部感染经脐血管门静脉而入肝脏胆道蛔虫亦可为引起细菌性肝脓肿的诱因常见的细菌有金黄色葡萄球菌链球菌等。
此外在开放性肝埙伤时细菌可随致伤异物或从创口直接侵入引起肝脓肿;细菌也可来自破裂的小胆管有一些原因不明的肝脓肿称隐源性肝脓肿可能与肝内已存在的隐匿病变有关这种隐匿病变在机体抵抗力减弱时病原菌在肝内繁殖发生肝脓肿有人指出隐源性肝脓肿中25%伴有糖尿病。