对遗传易感性的探索主要集中在免疫球蛋白的超家族上，包括位于MHC编码HLA的基因，以及编码免疫球蛋白和T细胞受体(TCR)分子的基因。
抗原被抗原呈递细胞呈递到细胞表面与HLA-Ⅱ类分子结合，进而被T细胞受体(TCR)识别并激活T细胞的过程受编码HLA分子的MHC等位基因多态性的影响。位于HLA一Ⅱ类分子抗原结合槽上DRβ多肽链第67～72位氨基酸序列，尤其是第71位氨基酸的位置与AIH的发生有重要关联，因为第71位氨基酸位于抗原结合槽的顶端，其位置决定HLA与抗原结合以及进而被TcR识别的能力。编码该氨基酸序列的MHC等位基因在不同人群间存在着差异，具有AIH遗传易感倾向的北欧及北美人第67～72位氨基酸序列为Leu-Leu-Glu-G1n-Lys-Arg，其中第71位氨基酸为赖氨酸(Lys)，编码该序列的MHC等位基因为DRBl.0301、DRB3.0101和DRBl.0401。具有AIH遗传易感倾向的DR4阳性日本人的第71位氨基酸为精氨酸(Arg)，其编码基因为DRBl.0405。其他不同地域人群也有各自的HLA遗传易感特点。
除HLA外，TCR、维生素D受体(VDR)、T01l样受体一4(TLR一4)、TGFβ、CD45等在遗传上的差异也都可能影响着AIH的易感性。与TNF-α基因多肽性也有关。