1.病理改变分期
典型肠瘘的发生发展一般经历4个阶段，相继出现以下病理改变：
(1)腹膜炎期：主要发生于创伤或手术后1周以内，由于肠内容物经肠壁缺损处漏出，对漏口周围组织产生刺激，引起腹膜炎症反应，其严重程度依瘘口的位置，大小，漏出液的性质和数量不同而异，高位、高流量的空肠瘘，漏出液中含有大量胆汁，胰液，具有强烈的消化，腐蚀作用，而且流量大，常常形成急性弥漫性腹膜炎，瘘口小，流量少的肠瘘则可形成局限性腹膜炎。
(2)局限性脓肿期：多发生于肠瘘发病后7～10天，由于急性肠瘘引起腹腔炎症反应，腹腔内纤维素渗出，引流作用，大网膜的包裹，肠漏周围器官的粘连等等，使渗漏液局限，包裹形成局限性脓肿。
(3)瘘管形成期：上述脓肿在没有及时人为引流情况下，可发生破溃，使脓腔通向体表或周围器官，从肠壁瘘口至腹壁或其他器官瘘口处，形成固定的异常通路，脓液与肠液经过此通道流出。
(4)瘘管闭合期：随着全身情况的改善和有效治疗，瘘管内容物引流通畅，周围组织炎症反应消退以及纤维组织增生，瘘管将最后被肉芽组织充填并形成纤维瘢痕而愈合。
2.病理生理改变
肠瘘出现后，除了原有疾病引起的病理生理改变外，肠瘘本身也会引起一系列特有的病理生理改变，主要包括：水电解质和酸碱紊乱，营养不良，消化酶的腐蚀作用，感染以及器官功能障碍等方面，依据瘘口的位置、大小、流量以及原有疾病的不同，对机体造成的影响也不相同，瘘口小、位置低、流量少的肠瘘引起的全身病理生理改变小；高位、高流量的瘘则引起的病理生理改变比较明显，甚至出现多器官功能衰竭(MOF)，导致患者死亡。
(1)水电解质和酸碱紊乱：肠瘘按其流出量的多少，分为高流量瘘与低流量瘘。消化液丢失量的多少取决于肠瘘的部位，十二指肠，空肠瘘丢失肠液量大，也称高位肠瘘，而结肠及回肠瘘肠液损失少称低位肠瘘，大量肠液流失引起脱水，电解质和酸碱紊乱，甚至危及患者生命。
(2)营养不良：因肠液丢失，肠液中营养物质和消化酶丢失，消化吸收功能发生障碍，加上感染等因素，更是加重了营养不良，其后果与短肠综合征相同。
(3)消化酶的腐蚀作用：肠液腐蚀皮肤可使皮肤发生糜烂和溃疡甚至坏死，消化液积聚在腹腔或瘘管内，可能腐蚀其他脏器，也可能腐蚀血管造成大量出血，伤口难以愈合。
(4)感染：肠瘘一旦发生后，由于引流不畅而造成腹腔内脓肿形成，肠腔内细菌污染周围组织而发生感染，又因消化酶的腐蚀作用使感染难以局限，如肠瘘与胆道、膀胱相通则引起相应器官的感染，甚至发生败血症。
水电解质和酸碱平衡紊乱，营养不良和感染是肠瘘病人的三大基本病理生理改变，尤其是营养不良和感染在肠瘘病人往往比较严重，而且互为因果，形成恶性循环，可引起脓毒血症和多器官功能障碍综合征(MODS)，最后出现MOF而死亡。