肠瘘的临床表现比较复杂，其病情轻重受多种因素的影响，包括肠瘘的类型、原因、患者身体状况以及肠瘘发生的不同阶段等，肠间内瘘可无明显症状和生理紊乱，肠外瘘早期一般表现为局限性或弥漫性腹膜炎症状，患者可出现发热、腹胀、腹痛、局部腹壁压痛反跳痛等，手术后患者，有时与原有疾病的症状，体征难以区别，临床医师对病人诉腹胀，没有排气排便缺乏足够的重视而将此归结为术后肠蠕动差、肠粘连等，往往失去了对肠瘘的早期诊断。
在瘘管形成，肠液溢出体外以后，则主要表现为：瘘口形成与肠内容物漏出，感染，营养不良，水电解质和酸碱平衡紊乱以及多器官功能障碍等。
1、瘘口形成与肠内容物漏出：肠外瘘的特征性表现是在腹壁可出现一个或多个瘘口，有肠液、胆汁、气体、粪便或食物流出，唇状瘘可在创面观察到外翻的肠黏膜，甚至破裂的肠管，瘘口周围的皮肤红肿、糜烂，由于消化液的作用，可出现大片皮肤或腹壁缺损，十二指肠瘘和高位空肠瘘，流出量可很大，达4000～5000ml/d，含有大量胆汁和胰液，经口进食的食物很快以原形从瘘口排出;低位小肠瘘，流出量仍较多，肠液较稠，主要为部分消化的食糜;结肠瘘一般流出量少，呈半成形的粪便，瘘口周围皮肤腐蚀较轻，肠间内瘘可表现为不同程度的腹泻，应用止泻剂无效，肠道与输尿管，膀胱或者子宫发生的瘘，则可出现肠内容物随尿液或者从阴道排出，或者尿液随大便排出。
2、感染：感染是肠瘘发生和发展的重要因素，也是主要临床表现之一，腹腔感染，特别是腹腔脓肿可引起肠瘘，肠瘘发生初期肠液漏出会引起不同程度的腹腔感染，腹腔脓肿，如病情进一步发展还可出现弥漫性腹膜炎，脓毒血症等临床表现。
3、营养不良：由于肠内容物特别是消化液的漏出，造成消化吸收障碍，加上感染，进食减少以及原发病的影响，肠瘘病人大多出现不同程度营养不良，可有低蛋白血症，水肿，消瘦等相应的临床表现。
4、水电解质和酸碱平衡紊乱：依肠瘘的位置类型，流量不同，有程度不等的内稳态失衡，可以表现多样，常见的是低钾，低钠，代谢性酸中毒等。
5、多器官功能障碍：肠瘘后期，病情得不到控制，可出现多器官功能障碍，较易出现胃肠道出血，肝脏损害等，此外，肠瘘病人还可能存在一些与瘘发生相关的疾病，如消化道肿瘤，肠粘连，炎性肠病，重症胰腺炎以及多发性创伤等，出现相应的临床表现。