十二指肠瘘发生后，患者常表现为突然出现的持续性腹痛，以右上腹最明显，局部腹壁肌肉紧张，压痛，反跳痛，可伴有高热，脉速，白细胞升高，一般发生于十二指肠溃疡穿孔，胃切除术后十二指肠残端吻合口瘘，盲襻梗阻，十二指肠憩室以及内镜检查损伤等，症状的严重程度与漏出液的多少有关，瘘孔较小，漏出物仅是少量的黏液和十二指肠液，症状较轻，愈合较快；若瘘口较大则有大量的水样胆汁漏出，伤口附近的皮肤很快发生糜烂，大量消化液的流失，很快发生水，电解质紊乱，甚至导致死亡。
空肠回肠内瘘常有腹泻，外瘘则有明显的肠液外溢，瘘口皮肤红肿，糜烂，疼痛，并常有腹腔感染，长期外瘘，肠液丢失量大则出现不同程度的营养不良，当肠腔与其他脏器，如泌尿系等相通时，常出现相应器官的感染症状，肠瘘的远端常有部分或是完全性梗阻，持久的感染，营养摄入困难可造成营养不良，体重迅速下降。