肠瘘的治疗目的是设法闭合瘘管，恢复肠管的连续性，纠正肠液外溢所致的各种病理生理改变。20世纪70年代以前，治疗肠瘘的首选方法是紧急手术修补肠瘘，当时公认的原则是“愈是高位的瘘，愈要尽早手术”，但是，由于对肠瘘的病理生理学了解不够，将肠瘘的处理原则等同于十二指肠溃疡穿孔，外伤性肠穿孔等，希望能一次修补成功，而事实上由于腹腔内感染严重，肠襻组织不健康且愈合不良，早期手术失败率高达80%。20世纪70年代初期，随着TPN的临床应用，肠瘘病人的营养障碍问题可得到解决，加上各种抗生素的应用，对肠瘘感染的有效控制，肠瘘的治疗策略出现了根本性的转变，以采用各种非手术治疗促进肠瘘的自行愈合为主，而确定性手术治疗是最后的选择措施，TPN不仅可以改善患者营养不良，而且可减少肠液分泌量50%～70%，有利于肠瘘的愈合，20世纪80年代后期，生长抑素应用于肠瘘的治疗，使肠液的分泌再减少50%～70%，24 h空腹肠液流出量由2000ml左右减少至200ml左右，20世纪90年代以后，重组人生长激素应用于临床，可促进蛋白质合成与组织修复，使肠瘘非手术治疗的治愈率进一步提高。
目前，肠瘘的基本治疗原则是：根据肠瘘的不同类型和病理生理情况，采取有效的营养支持，抗感染，减少肠液分泌，封堵瘘管，维持内环境稳定，促进瘘管愈合以及选择性手术治疗等综合措施，以提高早期治愈率，一些研究正在探索在有效的营养支持和抗感染前提下，通过生长抑素和生长激素的适当联合应用，对肠外瘘病人实施早期确定性手术，提高早期手术修补肠瘘的成功率和早期治愈率，并缩短疗程。