治疗大便失禁的第一步是尽量建立起排便的正常规律，排出成形粪便。改变饮食，包括在食物中添加少量纤维素。如果这样改变饮食无效，使用减慢肠运动的药物，如易蒙停可能有效。

肛门肌肉（括约肌）的练习能增加其张力和收缩力，有助于防止大便失禁的复发。进行生物反馈治疗，病人可再训练肛门括约肌，并增加直肠对粪便的敏感性。大约70％主观上努力配合治疗的病人会通过生物反馈治疗获得一定的疗效。

如果大便失禁持续存在，外科手术可能对其中一小部分人有效。例如，对那些大便失禁病因是肛门损伤或肛门解剖结构缺陷者，手术治疗能收到一定效果。若一切均告失败，作为最后手段，可作结肠切除术，缝合肛门，病人则从腹壁上的开口排便，将粪便排入一个可调换的塑料袋内。