肛门先天性发育畸形：
1.神经系统发育缺陷：先天性腰骶部脊膜膨出或脊椎裂可伴肛门失禁，病人外括约肌和耻骨直肠肌失去正常神经支配，无收缩功能，处于弛缓状态，且由于感觉和运动系统均受影响，直肠黏膜在粪便充盈时缺乏膨胀感，不能引起便意及发动排便动作，直肠内粪便随时排出，此种病儿往往伴有尿失禁。
2.肛门直肠畸形：肛门直肠本身及盆腔结构均发生改变，且直肠盲端越高，改变越明显，越复杂，高位畸形时直肠盲端位于盆膈之上，耻骨直肠肌短缩，明显向前上方移位;内括约肌缺如或仅处于雏形状态;外括约肌多处于松散状态，其间充满脂肪组织，肌纤维走行异常紊乱，有作者随访225例肛门直肠畸形术后病儿，80例(35.5%)有不同程度的污便或失禁，畸形位置越高，失禁发生率也越高，其病因主要与畸形伴有感觉和运动神经组织结构的缺陷有关，也与手术损伤，手术错误有明显关系，过去治疗高位畸形行腹会阴肛门成形术时，直肠未通过耻骨直肠肌环，而在其后面下降，肛门直肠畸形，特别是高位畸形伴有骶骨畸形，致神经功能缺陷者也不少见，据Jiehioiiikhh分析，术后肛门失禁者约10%属此原因，中，低位畸形术后的肛门失禁，主要原因为手术损伤，感染等因素，如泄殖腔畸形，主要为女婴的直肠肛管，尿道，阴道共合一穴，以及高位无肛婴儿术后常有大便失禁，先天性痴呆，脑脊膜膨出，多发性硬皮病等均可发生大便失禁。
外伤：
由于外伤损伤了肛管直肠环，使括约肌失去了括约功能而至大便失禁，如刺伤，割伤，灼伤，冻伤及撕裂伤(主要为产妇分娩时的会阴撕裂)，以及肛管直肠手术的损伤，如肛瘘，痔，直肠脱垂，直肠癌等手术损伤了肛门括约肌致大便失禁。
肛管直肠疾病 ：
最常见的是肛管直肠肿瘤;如直肠癌，肛管癌，克罗恩病侵犯到肛管直肠并累及到肛门括约肌时，或溃疡性结肠炎长期腹泻引起肛管炎时，或直肠脱垂引起的肛门松弛，以及肛周的严重瘢痕影响到肛门括约肌，使肛门闭锁不全时均可引起大便失禁。
神经系统病变：
多见于脑外伤，脑肿瘤，脑梗死，脊髓肿瘤，脊髓结核，马尾神经损伤等均可导致大便失禁。