1.直肠指诊：检查者感觉到肛门无紧迫感呈松弛状态，嘱患者收缩肛门时，肛管括约肌收缩不明显或完全无收缩力;如肛门有损伤史者，可扪及瘢痕，有的患者可触及肛管的一侧有收缩感，而另一侧则无收缩感，并注意肛管直肠内是否有肿块，压痛等，手指退出肛门后观察指套是否带黏液及血。
2.内镜检查：观察肛门直肠或结肠有无畸形，瘢痕，肛管皮肤及直肠黏膜有无糜烂，溃疡，直肠黏膜有无充血，水肿，直肠息肉，直肠癌及肛管直肠癌等。
3.排粪造影检查：通过对用力排粪，提肛，静息等动态观察，了解肛门括约肌的功能，如灌入直肠的钡剂通过提肛可以保留，说明肛门括约肌有一定功能;如灌入直肠的钡剂不由自主地流出，说明肛门失禁。
4.肛管直肠压力测定：大便失禁患者表现出肛管直肠内的压力降低，频率减慢或消失;肛管收缩压下降;直肠肛管抑制反射消失，如溃疡性结肠炎致大便失禁患者直肠顺应性明显下降。
5.直肠感觉测定：是将4cm×6cm大的带有导管的球囊置入直肠，然后向球囊内注入水或空气，正常直肠的感觉阈值是45ml±5ml，如为神经性的大便失禁患者，其直肠感觉阈值消失。
6.球囊逼出试验：如直肠感觉迟钝，正常容量不能引起排便反射，不能将球囊排出，此检查既可用来判断直肠的感觉是否正常，又可判断肛门括约肌的功能，如肛门括约肌受损无括约功能，而球囊可自行滑出肛门，或轻微的增加腹压后即可将球囊排出。
7.盆底肌电图检查：该检查可以了解括约肌缺损的部位及范围。
8.肛管直肠内超声检查：通过肛管直肠内超声可以清楚地显示肛管直肠的各个层次，内括约肌及其周围的组织结构，可以协助肛门失禁的诊断，如观察内括约肌是否完整，外括约肌是否有缺损，以及缺损的部位及范围，该检查不但可以协助诊断，而且为手术切口的选择提供一定的依据。