肛门失禁的治疗应按发病原因及损伤范围选用不同的治疗方法。肛门失禁如是继发于某疾病，则需治疗原发病灶，如中枢神经系统疾病、代谢性疾病、肛管直肠疾病等，治疗原发疾病，肛门失禁有的可治愈，有的可改进。
一、非手术疗法
1.促进排便 治疗结直肠炎症，使有正常粪便，避免腹泻及便秘，避免服用刺激性食物，常用多纤维素食物。
2.肛管括约肌操练 改进外括约肌耻骨直肠肌、肛提肌随意收缩能力，增加肛门功能。
3.电刺激 常用于神经性肛门失禁。
Caldwell(1963)将刺激电极置于外括约肌内。Hopkinson(1966),Macleod(1979)用塞和肌电计刺激括约肌和盆底肌，使之有规律收缩和感觉反馈，均可改善肛门功能。
二、手术疗法
由于手术损伤和产伤或外力暴力损伤括约肌致局部缺陷。先天性疾病，直肠癌肿术后肛管括约肌切除等则需进行手术治疗，可采用括约肌修补术，直肠阴道内括约肌修补术，括约肌折叠术，皮片移植管成形术，括约肌成形术等。