直肠从中部往下端逐渐变细缩窄，随着肠腔在肛门处的收缩，肠壁的粘膜就像人衣服的袖口一样折叠起来，形成许多纵长隆起的皱襞，医学上叫直肠柱或肛柱。两个柱底之间靠一个半月形皱襞相连，这个半月形皱襞叫肛门瓣。两个直肠柱与肛门瓣之间形成了一个漏斗状开口向上的凹陷小窝，这个小窝就是肛窦，又叫肛隐窝。

肛窦底部有能够分泌液体的肛门腺和肛门腺导管，平时能分泌出粘性液体，润滑大便和保护直肠肛门。由于肛窦像一个漏斗，开口向上张着，粪便和其他脏东西，就很容易积存在窦里，同时也容易被硬的粪便擦伤弄破。细菌侵入之后就会引起肛窦内感染，并沿着肛门腺导管和肛门腺蔓延，所以肛窦炎又是引起多种肛门直肠病的根源，如肛门直肠周围脓肿、肛瘘、肛裂、痔疮、肛乳头炎等，肛管上皮癌的发生，也与慢性肛窦炎症的刺激有关。