细菌感染 ：
由于肛窦像一个漏斗，开口向上张着，粪便和其他脏东西，就很容易积存在窦里，同时也容易被硬的粪便擦伤弄破。细菌侵入之后就会引起肛窦内感染。
疾病因素 ：
细菌侵入之后就会引起肛窦内感染，并沿着肛门腺导管和肛门腺蔓延，所以肛窦炎又是引起多种肛门直肠病的根源，如肛门直肠周围脓肿、肛瘘、肛裂、痔疮、肛乳头炎等，肛管上皮癌的发生，也与慢性肛窦炎症的刺激有关。