保守疗法 　　
可以温盐水坐浴局部，使局部保持清洁，并可在肛窦底部涂5%～10%硝酸银溶液，每日1次。也可用橄榄油30～60mL灌肠。也可以使用各种痔疮栓 和痔疮膏。同时可口服抗生素，治疗引起该病的腹泻等肠道感染;或使用缓泻剂，使粪便排泄正常，如麻仁润肠丸等。由于肛窦的解剖及生理特点，其窦口向上，积 存的粪便残渣及脓汁不能完全排出，多不能完全治愈，只能减轻症状。 　　
手术疗法 　　
肛窦炎经药物治疗无效，或肛窦内已成脓肿，或并有肛乳头肥大和隐性瘘管的病人，宜采用手术洽疗，只要的治疗方法有肛窦切开术和肛窦切除术。 　
(1)肛窦切开术，适用于单纯隐窝炎，或已成脓，或伴有隐性瘘管的病人。 　　
操作方法：先将肛门部消毒，在局麻或腰俞穴麻醉下，病人取截石位或俩卧位，在肛门镜下，暴露病灶，沿肛窦作纵形切口，使引流通畅。创口用黄连素膏纱条或生肌玉红膏油纱条进行压迫止血。病人术后每日便后坐浴，局部用生肌玉红膏换药。 　　
(2)肛窦切除术，适用于肛窦炎伴有乳头肥大的病人。操作方法：先在肛门部消毒，在局麻或腰俞穴麻醉下，病人取截石位或侧卧位，在双叶肛门镜下，暴 露病灶，将肛窦、肛门瓣作纵形切口长约1cm，深达切断部分内括约肌，清除感染的肛腺及其导管，结扎出血点，用弯止血钳夹住切口一侧肛管及粘膜，连同增生 的肛乳头一起结扎。然后用同法处理对侧切口，术后处理同上。