对肛窦炎的病因，中西医观点不尽相同。
中医认为肛窦炎的病因为：肛窦炎多因饮食不节，过食甘肥、辛辣、醇酒等刺激性食物而致，或因泄泻、痢疾等湿热之邪下注大肠，蕴结肛门，或因肠燥便秘、肛门擦伤染毒而致。
现代医学认为肛窦炎的病因为：肛窦炎的发生与局部解剖特点及肛窦的特殊形状密切相关。肛窦位于齿状线两个肛柱之间、肛瓣之后，呈开口向上的漏斗状凹陷小窝，故常有粪渣和异物进入肛窦内而受感染，尤其是大便干结时，由于粪块磨损肛瓣，造成细菌侵犯，引起肛窦发炎，使炎症日益加重。
1、不良的排便习惯：上厕时下蹲位看书看报，造成下蹲和排便时间延长，容易造成肛门直肠内瘀血而诱发疾病。上厕时吸烟能缓冲大脑的排便反射，极容易造成便秘。排便时用力过猛，一些人不管排便感受是否强烈，盲目不停地猛力努挣，只能使直肠肛门和盆底肌肉增加不必要的负担与局部瘀血，导致疾病发生和发展。
2、饮食因素：日常生活中，饮食规律或饮食品种难免发生改变，这是很自然的。如食物质量的精粗，蔬菜种类的改变与量的增减，蛋白质、脂肪、淀粉、纤维素等含量的多少，水分摄人情况，都能直接影响粪便成分，引起肛门直肠疾病。长期饮酒或喜食辛辣食品的人，因酒和辛辣物可刺激消化道粘膜，造成血管扩张，结肠功能紊乱，肛肠疾病的发病率明显上升。
3、职业性因素：长期站立或久坐。因直立或静坐姿势，肛门直肠居人体下部，痔静脉回流不畅。